Die Alligatorschere nutzt ein hydraulisches Antriebssystem; Sein Kernmechanismus besteht darin, dass eine Hydraulikpumpe Druck erzeugt, um einen Hydraulikzylinder zu betätigen und dadurch eine hebelbasierte Scherkraft zu erzeugen. Im Betrieb fixiert zunächst ein Niederhalter das Metallmaterial; Anschließend treibt der Hauptdruckzylinder die bewegliche Klinge (obere Klinge) in Richtung der stationären Klinge (untere Klinge) und durchtrennt das Metall unter enormer Scherkraft. Der Name der Maschine geht auf die Ähnlichkeit ihrer Struktur mit dem Öffnen und Schließen der Kiefer eines Alligators zurück.
Alligatorscheren bieten drei Betriebsmodi: Inching, halbautomatisch und vollautomatisch. Im Tippmodus muss die Schertaste kontinuierlich gedrückt gehalten werden, damit die Maschine funktioniert. Im halbautomatischen Modus löst ein einziger Tastendruck einen kompletten Scherzyklus aus. Im vollautomatischen Modus arbeitet die Maschine kontinuierlich, ohne dass ein Tastendruck erforderlich ist, und durchläuft automatisch die Sequenzen Spannen (Niederhalter senkt sich), Scheren (Messer senkt sich), Lösen (Niederhalter und Sägeblatt werden zurückgezogen) und erneutes Spannen.
Im Vergleich zu mechanisch angetriebenen Scheren bieten hydraulische Systeme Vorteile wie kompakte Größe, geringes Gewicht, geringe Trägheit, geringe Geräuschentwicklung, reibungslosen Betrieb, einfache Bedienung und einfache Implementierung des Überlastschutzes. Fortschrittliche Modelle verfügen über schnell wirkende Schaltkreise (z. B. mit Hochgeschwindigkeits-Ventilverteilern), um die Schergeschwindigkeit zu erhöhen und die Geschwindigkeit von 8 auf 12 Schnitte pro Minute zu erhöhen, ohne die Motorleistung oder den Pumpenhubraum zu erhöhen, wodurch die Produktivität gesteigert wird. Die hydraulischen Systeme verwenden typischerweise Patronenventile, die Vorteile wie einfache Konstruktion, Verschmutzungsbeständigkeit und schnelle Reaktionszeiten bieten.
Die Bediener müssen voll konzentriert bleiben und ihren Körper von den beweglichen Teilen des Geräts und dem Schneidbereich fernhalten, um Verletzungen durch Materialrückschlag oder -reißen zu vermeiden. Der geeignete Betriebsmodus sollte auf der Grundlage der Form und Stabilität des Materials ausgewählt werden, und gefährliche Handlungen – wie das Herausholen von Gegenständen oder das Vornehmen von Einstellungen – müssen innerhalb des Arbeitsbereichs der Maschine vermieden werden.